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Las Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento son dos: Productividad y Competitividad y Calidad y Sustentabilidad en las Organizaciones, estas líneas surgieron para fortalecer la estructura del programa de la maestría en Planificación de Empresas y Desarrollo Regional, dado el enfoque integral de los conceptos de Productividad y Competitividad así como de Sustentabilidad, siendo relevante el desarrollo de los mismos en cada una de las acciones desarrolladas en la maestría antes señalada.
La maestría al ser profesionalizante se enfoca principalmente al trabajo práctico en las diferentes organizaciones del contexto, por lo cual las líneas de trabajo se sustentan fuertemente con los resultados académicos obtenidos en las líneas de generación y aplicación del conocimiento. Tal es el caso de los resultados entregados a los diferentes sectores empresariales, semestre a semestre en los que se aportan soluciones integrales para la productividad de los mismos. Logrando el objetivo de la maestría y del perfil de egreso, que es el de desarrollar habilidades y destrezas empresariales para generar la competitividad en los diferentes entornos en los que participen los egresados, aspectos que como ya se mencionó se va desarrollando en el transcurso del programa.